Legalitas Operasional PPPA Daarul Qur'an berada dibawah naungan Yayasan Daarul Qur'an Nusantara. berkedudukan di Tangerang, didirikan berdasarkan Akta Nomor 24 tanggal 11 Mei 2007 yang dibuat oleh Notaris Edi Priyono, SH berkedudukan di Jakarta. Akta Pendirian Yayasan Daarul Qur'an Nusantara telah disahkan per tanggal 27 Agustus 2007 berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum dengan nomor C-2704.HT.01.02.TH 2007
Berdasarkan Keputusan Ketua Umum Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS) No. KEP.005/BP/BAZNAS/VI/2015 Tentang Pembentukan UPZ BAZNAS bahwa PPPA Daarul Qur'an mulai bulan Juni 2015 telah resmi menjadi UPZ BAZNAS (Unit Pengumpul Zakat), sesuai SK tersebut semua zakat karyawan Daarul Qur'an dan dana zakat masyarakat yang terhimpun melalui PPPA Daarul Qur'an di setorkan melalui BAZNAS.